2026년 현행 무역 규제 정책 하에서 국내 기업의 수입 대리 수수료 적용 세율은 얼마인가?

저는 유럽 유제품 수입을 주력으로 하는 무역 회사의 구매 담당자입니다. 최근 네덜란드 현지의 공급처 대리인을 새로 연결했는데 상대방이 물품 가액의 3%에 해당하는 대리 수수료를 받고 공급처 연결, 해외 발송 조정을 도와주기로 했습니다. 동시에 협력 중인 국내 통관업체도 건별로 수입 운영 수수료를 받습니다. 이전에 이런 이중 수수료의 과세 문제를 처리해 본 적이 없어 두 부분의 수수료가 각각 적용되는 세율이 얼마인지, 해외 수수료의 원천징수 의무를 어떻게 이행해야 하는지 모르겠고, 향후 세관이 우리 수입 물품에 대해 가격 심사를 진행할 때 영향을 미칠지 걱정됩니다. 세금 신고를 잘못하여 체납금이 발생하거나 심지어 물품 통관에 영향을 미칠까 두렵고, 이 수수료에 해당하는 세금을 매입세액 공제할 수 있는지도 알고 싶습니다. 명확한 세율 기준과 실무상 주의사항을 알려주시기 바랍니다.