대리수입 무역액의 귀속 주체 및 회계 기준은 어떻게 정의하는가

저는 한 무역회사의 영업 사원입니다. 최근 국내 한 공장을 대리하여 정밀 기기를 한 배치 수입했는데 지금 재무가 장부를 대조하면서 이 무역액이 우리 회사의 것인지 공장의 것인지 묻습니다. 저희는 전에 대리 수수료만 받았고, 대금은 모두 공장에서 저희에게 보낸 후 해외로 지불했으며, 세관의 통관 서류 상 경영 단위는 저희 회사이고 수취 단위는 공장입니다. 전에 한 번 무역액 귀속 문제로 세무 서면 조사를 받아 환급을 거의 지연시킨 적이 있습니다. 지금 또 비슷한 건을 만나 다시 문제가 생길까 봐 대리수입 무역액이 도대체 누구의 것으로 계산되는지 명확한 규칙이 있는지, 그리고 장부와 통관에서 어떻게 명확히 구분하여 후속 규정 준수 리스크를 피할지 알고 싶습니다.