수출 국제운송대리비 입금 시 유의해야 할 세무합리성 요점은 무엇인가?

저는 기전제품 수출을 주력으로 하는 중소기업의 재무책임자입니다. 최근 회사가 동남아시아 시장을 확장하면서 매월 지급하는 국제운송대리비가 기존 몇만 원에서 20여만 원으로 증가했습니다. 하지만 이전에는 입금 처리가 매우 임의적이었는데, 지난달 세무신고 시 시스템이 경고를 보내 대리비 세금공제 증빙서류가 합리적이지 않다고 했습니다. 지금 매우 당황스러워 규범적인 입금 처리 방법을 알고 싶습니다. 예를 들어 어떤 비용을 공제할 수 있는지, 어떤 증빙서류를 준비해야 하는지, FOB와 CIF 용어에 따른 처리 차이는 무엇인지, 외환결제 시 환율은 어떻게 정하는지, 그리고 만약 발행을 잃어버렸을 경우 어떻게 해야 하는지 등 구체적인 조작 지침을 얻어 다시 문제가 발생하지 않기를 희망합니다.