건조연잎 수출대리 사업에서 회계처리 시 주의해야 할 핵심 과정은 무엇인가?

저는 건조연잎을 수출하는 중소기업 대표입니다. 최근 일본 주문 수출 사업을 대리업체에 위탁했지만 회계에서 문제가 계속 발생했습니다. 지난달 배송한 한 화물에서 대리업체가 제공한 청구서의 해상운임과 통관신고서 금액이 일치하지 않아 재무팀에서 환급에 영향을 줄 수 있다고 하였고, 은환이 입금된 후 대리업체의 결산 내역도 통관신고서와 일대일로 매치되지 않아 세무청이나 은환관리국에 조사를 받을까 걱정합니다. 지금 매우 급해서 건조연잎 수출대리 회계 시 구체적으로 주의해야 할 세부 사항은 무엇인지, 어떻게 이런 문제를 피하고 회계 합규를 확보하여 환급에 영향을 주지 않을 수 있는지 알고 싶습니다.