중계무역 소득을 어떻게 규범에 맞춰 신고하나요

저는 동남아 중계무역을 전문으로 하는 대외무역 기업의 담당자입니다. 최근 중계 업무를 두 건 수주했는데 화물이 모두 말레이시아를 경유해 EU로 운송됩니다. 지금 소득 신고 단계에 이르렀는데 전혀 방법을 몰라 헤매고 있습니다. 이전에는 직접수출만 해봐서 통관신고서를 근거로 신고하는 것만 알았는데, 중계무역은 국내 통관신고서가 없어 소득을 어떻게 신고해야 할지 모르겠습니다. 게다가 이 대금은 EU 구매자가 먼저 저희 홍콩 오프쇼어 계좌로 송금한 뒤 말레이시아 공급업체에 지급하는 구조라 자금흐름과 화물권이 완전히 분리되어 있는데 외환국 조사를 받게 되지는 않을까요? 또 세무 측면에서 중계무역 소득에 부가가치세를 납부해야 하나요? 특수관계자 거래 리스크가 발생하지는 않을까요? 규정 위반으로 이후 업무에 차질이 생길까 봐 정말 걱정됩니다.