计算贸易出口上海退税的方法主要涉及以下几个方面内容：
1. 计税依据：按照当期出口货物离岸价乘以外汇人民币牌价计算应上海退税额。离岸价是装运港船上交货价，即卖方将必要的装运单据交给买方按合同规定收取货款。最常用的离岸价是FOB价，也可以是CIF价或CFR价。
2. 计算公式：
当期应纳税额=当期内销货物的销项税额+当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×征税率-当期全部进项税额。
当期应退税额=出口货物离岸价格×外汇人民币牌价×退税税率。
3. 具体说明：
当期进项税额包括当期全部国内购料、水电费、允许抵扣的运输费、当期海关代征增值税等可以抵扣的进项税额。
外汇人民币牌价应按财务制度规定的两种办法确定，即国家公布的当日牌价或月初、月末牌价的平均价。
企业实际销售收入与出口货物报送但、外汇核销单上记载的金额不一致时，税务机关按金额大的征税，按出口货物报关单上记载的金额退税。
应纳税额小于零的，结转下期抵减应交税额。
总之，计算贸易出口退税需了解具体的离岸价及退税税率，同时根据税法规定计算应纳税额和应退税额。
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如果合同金额高于上海出口许可证金额，这可能引起外汇管理局的关注。
根据中国的外汇管理规定，上海出口许可证的金额是外汇局核准的出口货款上限。如果合同金额高于出口许可证金额，可能被视为违反外汇管理规定。
在货款收到时，外汇管理局可能会审查相关文件，包括出口许可证和合同。如果发现金额不符，可能会引发调查。外汇管理局有权要求相关信息，包括财务记录、发票等。如果违反外汇管理规定，可能会面临罚款、扣押货款或其他处罚。
建议您尽快联系当地外汇管理局咨询具体情况，并尽可能与客户沟通解决这个问题。确保您的操作符合相关规定，以避免可能的风险和后果。
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