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代理进口增值税的抵扣问题，需要根据具体情况来判断。一般情况下，如果是以代理公司的名义进口，且代理公司将货物销售给委托方，那么增值税专用发票应由代理公司开具给委托方，委托方可以凭此发票进行抵扣。
在实际操作中，委托方和代理方需要签订详细的代理协议，明确双方的权利和义务，包括增值税的处理方式。这样可以避免后续出现纠纷。
同时，需要注意的是，抵扣的增值税必须是用于应税项目的，且符合相关税收法规的要求。
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通常是委托方进行抵扣，因为货物最终是由委托方使用或销售的，所以相应的增值税应由委托方承担并抵扣。
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这要看代理协议的具体规定。如果协议中明确约定增值税由委托方承担并抵扣，那么就应由委托方进行抵扣。
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一般来说，谁是货物的实际使用者或销售者，谁就有资格抵扣代理进口增值税。
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如果代理公司只是代收代缴增值税，那么抵扣权应该在委托方。但具体还需根据实际情况和相关法规来确定。
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