代理出口主要涉及增值税和企业所得税。在增值税方面,如果是一般纳税人,代理出口货物实行“免、抵、退”税管理办法。即对生产企业自营或委托外贸企业代理出口的自产货物,免征本企业生产销售环节增值税;生产企业出口自产货物所耗用的原材料、零部件、燃料、动力等所含应予退还的进项税额,抵顶内销货物的应纳税额;对生产企业出口的自产货物在当月内应抵顶的进项税额大于应纳税额时,对未抵顶完的部分予以退税。
对于小规模纳税人,出口货物实行免征增值税办法。
在企业所得税方面,企业应将出口货物取得的收入并入企业应纳税所得额,计算缴纳企业所得税。